Каждый цвет флага имеет свое значение. Синий – ясность, добродетель и чистота помыслов народов республики. Белый – миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству. Зеленый – свобода и вечность жизни.
Флаг с тремя горизонтальными полосами синего, белого и зеленого цветов утвержден 25 февраля 1992 года Верховным Советом Башкирской ССР. В центре белой полосы расположен золотой семилепестковый цветок курая, что указывает на семь родов, образовавших народ Башкирии.